まず全学部入試についてご説明します。

全学部入試とは1回の試験でいくつの学部でも合格出来る仕組みです。
例えば明治大学だと、2015年の全学部入試（全学部統一入学試験）は2月5日に行われます。

受験生は出願時に複数の学部に出願することが出来ます。
商学部や経営学部などそれぞれの学部は入試方法によって合格者数を決めており、全学部入試でも合格者数が決まっています。
その合格者数をその学部の受験出願をした受験生が争うという方式です。

2月5日の試験で高得点をとった受験生から各学部の合格者数枠が埋まっていきます。そのため、ひとつの学部に合格したら複数の学部に合格する可能性が高いです。

一度にいくつもの学部を受験できることと受験料が安いなどの理由から全学部入試は出願が多く、基本的には同学部の一般入試より合格難易度は高い傾向があります。

例えば明治大学の全学部入試でいずれかの学部に合格した受験生は明治大学よりも難易度の高い大学にも合格していることが多いです。

追加でご説明すると、全学部入試は試験日・合格発表日が一般入試日程よりも早いため、一番合格発表が早い日程だと2月10日には合否がわかります。
もし2月10日に合否がわかれば国立の試験日である2月25日、早慶の主要学部の試験日である2月20日前後まで過去問を解くなどの個別対策に集中できます。
これが、もしMarchの一般入試も受験するとなると2月15日前後まで試験日程がずれ込むのでその後の大学対策に十分に時間をかけることができます。
試験日直前である2月は毎日がとても大切です。特に、直前期間は大学・学部の過去問を使って少しでも個別の対策をするべき時間です。
そのため全学部日程で合格を取れればその後の志望校の合格も近くなります。